¿Qué particiones has borrado? ¿Las de Recuperación?

Si es así, trata de extender la partición que contiene C: para unir el espacio  No asignado.
Para que luego sólo queden dos particiones; la del Sistema  y la de arranque EFI.

¿La Clonación la estás haciendo desde un Live/USB?

Pues no sé...

Si siempre lo has hecho así, y te ha funcionado, no sé lo que puede estar pasando.
Prueba con un Live/USB a ver que tal...

Supongo que estás trabajado con un estilo de particiones UEFI, porque no intentas crear el arranque manualmente, primero debes vaciar (dejar como espacio no asignado) la partición de arranque, esa de 100MB, eso lo puedes hacer desde el Administrador de Disco o con algún otro programa como DiskGenius u otro, incluso con el propio DiskPart.

OJO que usar DiskPart o BCDBoot incorrectamente puede hacer que pierdas tus datos o no arranque tu sistema actual.

1. Asegúrate del estilo de particiones que está usando tu Disco clonado, puede ser MBR (BIOS) o GPT (UEFI), los siguientes pasos solo los debes aplicar si se trata de GPT (UEFI)

2. Usas DiskPart (espero que tengas conocimientos previos de su uso o el uso de programas por línea de comandos) para listar los discos y seleccionar el adecuado, por ejemplo si el disco con el que quiero trabajar es el 0:

lis dis
sel dis 0

Luego listas las particiones de ese Disco

lis par

debería mostrarte la partición del sistema y otros que tengas, el espacio no asignado no lo mostrará, solo mostrará un Desplazamiento que debería ser de 100MB, ahora creas la partición EFI con:

cre par efi

entonces los formateas como fat32, le asignas una letra de unidad y sales de DiskPart con exit:

for quick fs=fat32
ass letter=S
exit

Para finalizar creas el boot con el comando BCDBoot, suponiendo que el Disco del Sistema (donde está Windows) es H y la partición boot es S

BCDBoot "H:\Windows" /S "S:" /F UEFI

Eso es todo con respecto a GPT (UEFI), si por el contrario el estilo de particiones es MBR (BIOS) ni siquiera necesitas una partición aparte, te ahorras todo el lío de DiskPart y directamente usas el comando BCDBoot, por ejemplo si el sistema está en H puedes crear el boot en esa misma unidad:

BCDBoot "H:\Windows" /S "H:" /F BIOS

Eso es todo con respecto a MBR (BIOS)

Ya solo queda ver si funciona porque debería

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Creo que hay programas que permiten hacer todo esto de forma gráfica como https://www.easyuefi.com/index-us.html pero en realidad los vi más complicados XD, me he acostumbrado a usar los comandos

Parece que ha funcionado con Macrium Reflect, ultima edicion.
Clone las dos pàrticiones que me dijiste y ahi esta funcionando. lo volvere a hacer porque las particiones han quedado mal para mi gusto.
Donde F es el C clonado
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