el "problema" (entre comillas) es que usamos conexiones persistentes al mysql:
http://php.net/manual/en/function.mysql-pconnect.phpPor lo tanto cada conexión dura más tiempo y es más fácil llegar al tope establecido (que ya fue aumentado tiempo atrás).
El número era suficientemente alto para un tráfico normal (800 conexiones simultáneas) pero en vista que hemos llegado al tope dos veces por ataque continuado (error Too many connections MySQL) pues lo volvemos a aumentar.
El servidor tiene varias protecciones, entre las que están reglas de iptables de no aceptar x peticiones de una misma ip por cada x segundos.
Te puedo asegurar que el robot de Google y muchas otros visitantes hacen más de 1 petición cada 4 segundos, los límites en todo caso son bastante más permisivos.