Puedes subir una muestra para verla?, al menos unas cuantas páginas para hacer las pruebas ahí.

Depende mucho de como esté, por ejemplo si es un escaneado al que después se le ha puesto una marca de agua lo tienes más sencillo porque solo es seleccionar y eliminar las marcas de agua, Acrobat tiene herramientas para seleccionar e eliminar objetos en todas las hojas cuando cumplen ciertas propiedades que puedes especificar como tamaño, fuente, color, etc

Si todo está escaneado va a depender de cuan aislado esté la marca de agua para que no afecto lo que tenga debajo, al usar OCR puede separar el escaneado en capas u objetos para poder quitar las marcas de agua pero podría ser más laborioso dependiendo de cuan aislado estén.

En todo caso siempre puedes eliminar manualmente hoja por hoja ya sea seleccionando el objeto y eliminando o editando la imagen que tiene la marca de agua, por ejemplo a mi me a tocado editarlas con Photoshop algunas veces

En Word también puedes seleccionar objetos mediante su panel de selección, o remover marcas de agua en el archivo en sí abriéndolo con WinRAR o 7zip y eliminando/cambiando las marcas de agua

La marca de agua es de antes de escanearlo. Por eso acrobat no la reconoce por si sola como una imagen. Reconoce toda la pagina como una imagen que incluye texto y marca de agua. Con el OCR pasado, la convierto a .doc y sale de todo en el word; hay paginas en las que la marca de agua esta compuesta por muchas imagenes y otras veces que la pagina entera (texto y marca de agua) sigue siendo una imagen.
Creo que esto va a ser laborioso.....

Pues eso voy a hacer, aunque pierda el formato.

Muchas gracias.

Oiga muchas gracias carnales