Buscar la version con que guardastes los marcadores yo por ahi creo que tengo todavia guardada la 3.0 y estamos en la 8.0 ,aunque me extraña que hallan jodido lo de los marcadores,de igual manera usa google a ver si encuentras problemas similares,incluso la solucion,eso puede ayudarte.
Saludos

otra forma es ir a la carpeta de tu perfil de firefox (esta guardada en Documents and settings), y ahi estan todas las bases de datos que usa firefox en sqlite, y tambein estan los marcadores, creo que se llaman bookmarks.html, eso te lo copias a la carpeta de tu perfil actual, sobreescribis los que tengas y te los levanta sin problemas.