...Cada programa es un mundo, si no dices de que programa se trata dudo que se te pueda ayudar más que diciendote esto:

1. Monitoriza el registro en busca de nuevas claves añadidas durante la instalación.
2. Monitoriza los archivos en busca de nuevos archivos expandidos durante la instalación.
3. Recopíla todas esas claves y archivos para crear tu portable.

No me vale lo de "es que ya lo tengo instalado", como ya digo cada programa es un mundo, y ese programa puede tener 1.000 archivos expandidos por las carpetas del sistema y que sin ellos no podrás ejecutar la aplicación, por eso has de monitorizar esos archivos, además puede tener servicios, dll's registradas en el sistema, de todo vaya.

Si dices tener una aplicaicón que ya monitoriza todo eso por ti durante la instalación, pues entonces eso es lo que necesitas.

..Ahora, si se trata de un programa sencillo, pues es suficiente con copiar el contenido del directorio de la aplicación, y hacer tu portable, con Winrar por ejemplo (para newbies).

Saludos!

En este caso es un programa muy sencillo, no crea ninguna clave de registro (bueno, la crea vacía, asi que nada)

Tienes uan carpeta en "%APPDATA%\phpdesigner"
Otra carpeta en "%PROGRAMFILES%\phpDesigner 8"

..Y nada más, con copiar eso es suficiente.

Saludos!