formatear significa dar un nuevo formato a una particion, ergo cambiar la tabla de particiones, y por consecuencia colocar una nueva tabla de archivos... las carpetas no existen más que como una linea de información en la tabla de particiones... una carpeta imborrable, significa un discoduro informateable

la estructura de una particion es así (esta es NTFS) la MFT es la Master file table, donde se anotan las carpetas (que es solo un nombre e indica de quien es hija) y la ubicación de los archivos (en carpeta y sectores del disco), cuando borras un archivo, simplemente se elimina de esta tabla usualmente (por eso es recuperable)