Por lo que comentas, creo que el que está infectado es tu pendrive, por ende también infectas los ordenadores a los que lo conectas.
Los llamados virus de acceso directo son un tipo de amenaza informática que combina un gusano y un troyano en una única amenaza que, cuando infecta el ordenador, automáticamente oculta todos los iconos y carpetas que tiene el usuario en su sistema y los sustituye todos ellos por accesos directos con la misma apariencia que los originales.

Pasos:

Conectar el disco o la memoria infectada al ordenador y, utilizando una ventana de CMD, ejecutar los siguientes comandos:

E: (o la letra donde esté montada la memoria o el disco infectado).
del *.lnk (para eliminar todos los archivos de acceso directo creados por el virus).
attrib -s -r -h /s /d *.* (para aplicar los atributos estándar a todos los archivos originales para que vuelvan a aparecer).

Ejecutar USB FIX:

Web: https://www.sosvirus.net/en/download/usbfix/
Descarga: https://www.sosvirus.net/en/download/usbfix/?wpdmdl=37&refresh=5c348c20e5f611546947616

Ahora te toca escanear el PC y encontrar por donde se ha metido el virus.
Actualiza y ejecuta tu antivirus en un análisis completo, conectando el USB.
Si no tienes antivirus, Malwarebytes te puede sacar del problema:

Web: https://es.malwarebytes.com/mwb-download/
Descarga:  https://download.cnet.com/malwarebytes-anti-malware/windows.html?hlndr=1&part=dl-x&lang=es

Haz un análisis completo y comenta el resultado.
Puedes vacunar tu USB con Panda USB vaccine:

Descarga: http://www.pandasecurity.com/enterprise/downloads/docs/product/usbvaccine/USBVaccineSetup50a.zip

Saludos.