Lo suyo sería formatearlo en NTFS, te permite crear permisos.
El caso es que puede haber problemas de compatibilidad entre sistemas operativos.

Saludos.

Y porque no cifras el contenido que no quieres que copien y ya esta??

A entonces no te servira... Pero no entiendo exactamente el contexto, es decir, tienes un USB con archivos, pero esos archivos que son, es decir son ficheros tipo .docx, .pdf (ficheros normal y corrientes) o ficheros que forman parte de un kernel (es decir ficheros que si los modificas o los borras no te deja bootear el usb)? Esque no acabo de entender a que te refieres.

Segun e entendido por lo que explicas son ficheros, de tipo pdf y tal. Si son ficheros asi, los puedes cifrar y pasarle el usb a quien sea mientras esten cifrados, y una vez te lo devuelvan y quieras volver a usar esos ficheros los descifras y ya esta...

A entonces lo tienes mas complicado... Sino otra opcion, pero que seria un poco mas liosa y si lo haces sin cuidado te lo puedes cargar, es crear una particion a parte y almacenar los ficheros que quieres compartir en esa particion, y la particion de linux la cifras con truecrypt y cuando lo vayas a usar lo descifras y teoricamente te ira bien, eso si te recomiendo que hagas una copia y no vayas a lo loco.

Sino otra opcion pero un poco mas "fea" es cifrar los archivos de configuracion y cuando lso vayas a usar descifrarlo, pero ahi ya nose mucho del tema porque nunca lo e hecho y nose si seria posible sin que se dañara nada.  

Mi recomendacion es que dividas el usb en dos y cifres la particion del SO.