Ante la duda, formateo a bajo nivel del disco duro y luego ya le pides al instalador que te cree la nueva tabla de particiones. Hay virus que pueden instalarse en el sector de arranque y aunque reinstales el sistema operativo seguirán ejecutándose al arrancarlo. El formateo a bajo nivel te garantiza al 100% que tu disco queda como recién sacado de fábrica (degradación aparte)

El formato de bajo nivel es “un tipo” de formateo (borrado / restauración), pero a profundidad, con la intensión de devolverle el estado original y prestaciones al disco duro. Por lo general el fabricante de dicho disco duro, ofrece una herramienta para tal finalidad.
Con la degradación hace referencia al S.M.A.RT. del disco duro, este lleva el tiempo de vida y uso (vida útil y obsolescencia programada), entre otros aspectos.
Al exponer el disco a un stress como es el formato de bajo nivel, degradas su tiempo de vida, pues a nivel de hardware, el S.M.A.R.T, lleva la cuenta. Esto es muy difícil de violar y define el ciclo de vida de los discos duros modernos.
Respecto a sus interrogantes:
Su Mac no correrá más lento después de formateado.
Para eliminar un troyano no necesariamente tiene que formatear el sistema.
Instalado cualquier antivirus para Mac, podrá eliminarlo (depende del tipo de virus que sea). Eso se lo dirá el antivirus o mal funcionalidades persistentes.
Su situación se soluciona instalando u booteando*  un antivirus de prestigio, de los muchos que hay en el mercado (ver referencias en el Foro).
*(cd de arranque que ofrece el antivirus y arrancar el sistema a través de él)