con sector de arranque, te referís al mbr o al sector de arranque del so.
en el caso del sector de arranque, los antivirus comunes y corrientes, pueden desinfectarlo.
en el mbr, creo que los antivirus también llegan (no estoy seguro), pero, los antirootkits como gmer  también detectan malware en el mbr.
en los 2 casos, siempre se puede limpiar el mbr, y el sector de inicio usando la consola de recuperación de windows , o usando  hirens boot cd.
en el primer caso, puedes usar el comando fixboot para reparar el sector de  inicio, y fixmbr para reparar el mbr.
nota:
te recomiendo que  leas sobre los comandos fixboot y fixmbr antes de usarlos.
saludos
 

Entonces si lo sabes porque no utilizas ese metodo?

Entonces si lo sabes porque no utilizas ese metodo?
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porque no me soluciono el problema de arranque, no me deja insalar windows ni linux, borre tabla de particiones, particiones, etc,etc,etc.
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tendrías que  haber  aclarado eso desde el inicio.
como sabes que es un virus?
usa hirens boot cd, para hacer un formateo a low level, y listo.
luego  reinstala como siempre.
no, vos te referías al mbr.
en fin, mi consejo es que uses hirensboot cd, y hagas un formateo a low level.
pero bueno, también puedes buscar en google por ejemplo, un livecd de avira.
aunque es raro,  si limpiaste el mbr, no tendría que haber problemas, pero con intentar hacer un low level  format no pierdes nada.
pd:
aunque es muy poco  provable, si haces el formateo a low level, y el problema persiste, y pasa con otro hd, podrías tener un virus en la bios.
aunque como te digo, es casi imposible.

saludos

probablemente, si     limpió  el mbr,  una.

igual,  esperemos a ver que  dice el user, no ha dado muchos detalles de lo que le pasa.
saludos