mas que del simple OS depende de los servicios y programas instalados entre otras cosas, es decir, windows puede estar muy bien asegurado si está bien configurado, por alli existen servidores en windows tan solidos como cualquiera en linux...
si es para uso diario esa seguridad se diluye mucho porque el vulnerable es el navegador, de allí en mas quien te protegerá será la capa de superusuario
en el caso de windows las ultimas versiones actualizadas hasta donde se no tienen exploits conocidos, sobre linux tampoco y la gran barrera con linux es la pereza de escribir la contraseña CADA vez... aunque si colocas una cuenta de usuario en windows será similar