Hay antivirus, antispyware...antimalware en general que detectan ciertas herramientas como malware, herramientas tipo la que comentas o otras como las típicas de congelar msn y tonterias del estilo.
No te puedo decir a ciencia exacta que lo que uses no es malware, pero lo que si es cierto es lo que te he comentado. Cada cual debe ser consecuente de lo que usa y para que.
Por otra parte, hace tiempo con el mcafee concretamente, analize una herramienta (no me acuerdo cual era) y me la detecto como "hackertool" no como troyano. Las empresas desarrolladores de programas anti-malware deberían tener mas en cuenta el tipo de descripción que ponen a sus resultados.
Por no decir la competencia desleal que hacen detectando programas que no están infectados pero les sacan clientes a su producto, pero ese es otro tema y no quiero calentarme la cabeza