Trato de ejecutar comando de java desde el modulo "os" de python pero no me permite.
¿Alguno sabe como hacerle?

import os
os.system("comando")
 

Obviamente si estás en Windows necesitás comandos de windows, y si estás en Linux, son otros...
Tenés que pasarlos como string. Por ejemplo para limpiar pantalla en Windows:

import os
os.system('cls')
 

Y en Linux si mal no recuerdo sería algo como:

import os
os.system('clear')