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Trato de ejecutar comando de java desde el modulo "os" de python pero no me permite.
¿Alguno sabe como hacerle?

hola:
           la verdad que no uso java, pero creo que se usa el módulo Py4J para lo que pedís.

import os
os.system("comando")
 

Obviamente si estás en Windows necesitás comandos de windows, y si estás en Linux, son otros...
Tenés que pasarlos como string. Por ejemplo para limpiar pantalla en Windows:

import os
os.system('cls')
 

Y en Linux si mal no recuerdo sería algo como:

import os
os.system('clear')