python es más ordenado. A mi me gustan los dos, quizás un poco mas python.

Google usa python

Perl es un lenguaje muy entretenido por su facilidad para sus sockets, expresiones regulares, creacion exploits. Pero python es un lenguaje más matematico (muy potente en ese sentido), y un poco más nuevo perl-->1989 python-->1991, con mucho mejor uso de POO que perl. Python es un poco me costo un poco más aprenderlo ya que tiene miles de trucos poderosisimos (como tambien perl)
Perl es un poco más hacker
Python más matematico
Ambos son excelente! (creo que no reespondi tu duda pero lo dejo para que lo pienses)

Yo personalmente uso más perl pero porque llevo más tiempo usandolo que python y todo depende del proposito para el cual usarlos. Pero te diria que eligieras python por lo siguente --> http://mundogeek.net/archivos/2004/06/24/de-camellos-serpientes-y-joyas-perl-vs-python-vs-ruby/

Mas facil de aprender Python, pero mas rapido en velocidad Perl.

Python esta muy bonito y te permite la programacion completamente en POO a un considerable muy muy alto nivel, en poco tiempo si te empenas puedes aprender a manejarlo de forma avanzada, porque el lenguaje como tal es bastante facil, sencillo he instuitivo de aprender, mas sin embargo su facilidad no implica que el lenguaje sea mediocre, todo lo contrario es bastante eficiente y bueno, y lo que te cuesta hacer en C por ejemplo en 10 lineas en python la misma instruccion te tomaria 3.

Ahora Python para webs... lamentablemente solo he escuchado comentarios negativos en cuanto a velocidad se refiere, en este lado aun le supera Perl y PHP. Otra cosita muy pocos hostings actualmente ofrecen soporte tanto modular como cgi en Python para el desarrollo web, sin embargo ofrecen soporte para scripts en perl.

Pero dependera a la larga que es lo que quieres, Python por otro lado esta haciendose mas popular cada vez, mientras perl esta quedando atras.

Perl no se queda atrás respecto a las matemáticas, tan solo poner "math" en CPAN, salen más de 889 módulos relacionados.

Perl es un excelente candidato para el análisis de algoritmos.

PD : Es Perl, no PEARL.

PD 2: Tal vez no lo noten, pero Perl está tomando bastante poder de nuevo.

Lo más remarcable de ambos es su cantidad de librerías, (en cuanto a capacidades me parecen un poco viejos ya)
A sopesar:

• Si quieres hacer algo en concreto busca la librería que quieres usar, el que la tenga a por ese
• Si quieres trabajar con librerias externas compiladas (clásicas) en python es muchisimo mas facil, no te imaginas cuanto(he llegado a leer que aprender XS, que es el lenguaje que se usa para poder hacer las interfaces, puede llegar a tener una curva de aprendizaje mas pronunciada que el propio perl)
• Si quieres procesar datos yo me quedaría con perl
• Supuestamente perl tambien es para generar informes
• Algo mas grande creo que se haría mejor en python
• algo malo de perl? que puede ser tan sucio como tu quieras
• Mi impresión es que perl también es más expresivo, o sea, que en menos "lineas" haces mas cosas, pudiendo ser mas productivo, mas rapido

Eso sí, ambos te volveran locos con los errores, no se cual más, python con sus typos que solo los cacha en runtime, perl lo soluciona con warnings.
La reflectividad de python tambien es de mucha ayuda a veces, y sus scripts por eso de su "limpieza" son mas hackeables
Mi consejo: Aprende los 2, yo no me caso con ninguno, bueno, en realidad me casé con ambos

editado:
Olvidé comentar, que aunque perl tiene mas dificil lo de interactuar con otro lenguaje, C por ejemplo, interactua muy facilmente (python no muy dificil pero no tan naturalmente) con comandos, o programas de sistema, en un sistema unix esto otorga gran ventaja pues tienes todo el toolchain a tu servicio!