Pues me he encontrado con un error en dos ejercicios.
el primero es el siguiente aca dejo el programa con comentarios para explicarlo:

def program():
	os.system('cls')
	print("""Leer dos matrices 4x5 enteras y determinar si el mayor número primo de una de las matrices
es también el mayor número primo de la otra matriz.""")
	matriz = []
	print("Matriz 1")#Entrada de la primera matriz empieza por aca
	for f in range(4):
		fila = []
		for c in range(5):
			try:
				num=int(input("digite el numero "+str(f+1)+","+str(c+1)+": "))
			except:
				num=0
			fila.append(num)
		matriz.append(fila)
	print("")
	matriz1 = []#Aca por logica comienza la entrada de la segunda matriz
	print("Matriz 2")
	for f1 in range(4):
		fila1 = []
		for c1 in range(5):
			try:
				num1=int(input("digite el numero "+str(f1+1)+","+str(c1+1)+": "))
			except:
				num1=0
			fila1.append(num1)
		matriz1.append(fila1)
	print("") #Salida de la matriz, me he leido que una matriz no deberia    mostrarse asi pero el profesor asi es que ha pedido que salga
	print("matriz 1")
	for fila in matriz:
		str_fila = ""
		for v in fila:
			str_fila += "\t"+str(v)
		print(str_fila)
		print("")
 
	print("")
	print("matriz 2")#Salida de la segunda matriz
	for fila1 in matriz1:
		str_fila1 = ""
		for v1 in fila1:
			str_fila1 += "\t"+str(v1)
		print(str_fila1)
		print("")
	mayor=0#Aca empieza la parte que trabaja lo del mandato, acumulador para el numero mayor
	primo = False
	pr = 0
	for z in matriz:#Repasa las las filas de la matriz y las muestra como listas
		for y in z:#Repasa las listas que habia sacado anteriormente y muestra los elementos
			for x in range(2, y):#Pequeño codigo que recorre los numeros comprendidos entre 2 y el numero que toque ser para saber si es primo 
				if y % x != 0:#condiciones para primo
					primo = True
				elif y % x == 0:
					primo = False
				if primo == True:#aca es donde intento dejar explicito que "pr" debe ser igual al numero mayor primo, pero en vez de eso lo que hace es que guarda en la variable el numero mayor dentro de la matriz sin importar si es primo o no
					pr = y
	print("El numero mayor de la matriz 1 es: "+str(pr))
program()

El otro seria esto
Leer dos matrices 5x5 enteras y determinar si el promedio entero de todos los elementos que
no están en la diagonal de una matriz es igual al promedio entero de todos los elementos que
no están en la diagonal de la otra matriz.

tengo unos cuantos codigos fallidos para separar la diagonal pero todos fallidos, alguna ayuda con esto por favor?

Supongo que es más una duda con el algoritmo que de programación.

Los elementos de la diagonal (suponiendo que se refiere a la diagonal principal) son los que ambos índices son iguales, es decir: m(1,1), m(2,2), m(3,3), m(4,4), m(5,5). Por lo tanto para calcular el promedio deberías sumar todos los elementos cuyos índices no sean iguales y dividirlos por el total.

En el caso en el que se refiera a ambas diagonales deberías descartar los elementos cuyos índices son: m(i,i) y m(i,6-i).

Por último sería comparar ambos promedios y definir un booleano que describa si son o no iguales.

Un saludo!