Así sería un reemplazamiento de string normal y corriente en Batch:

Set "var=Hello World"
Set "var=%var:Hello=Bye%"
 
Echo:"%var%"

Aquí tienes otros ejemplos:

• https://ss64.com/nt/syntax-replace.html

Sin embargo, Batch es un "lenguaje de programación" muy limitado y tedioso, directamente inutil para muchas necesidades programáticas de la vida real, hasta el punto en que para llevar a cabo un simple reemplazamiento del símbolo reservado de igual (=) en una variable, necesitarás recurrir a engorrosos algoritmos basados en la iteración por tokens o caracter por caracter de dicha variable, como los que puedes encontrar a constinuación en este enlace:

• Batch file: How to replace “=” (equal signs) and a string variable?

Consejo: no sigas perdiendo tu tiempo y esfuerzos en una herramienta obsoleta y engorrosa como es Batch, y utiliza cualquier otro lenguaje en su lugar. Tienes a tu disposición lenguajes como Visual Basic Script, javascript (para aplicaciones) y Powershell nativamente soportados en Windows. PowerShell es de lo mejor que puedes utilizar.

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Aquí tienes ejemplos de substrings:

• https://ss64.com/nt/syntax-substring.html

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Para empezar, estás aplicando malos hábitos de programación Batch en esa declaración de variable.

El uso correcto de las comillas dobles para encerrar el valor, es así:

No así:

...lo que estás haciendo así es incluir las comillas dobles como parte del valor/string. Dicho de ootra forma, el equivalente a esta declaración:

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Puedes aplicar dos metodologías distintas según tus necesidades, si conoces la posición exacta del caracter de inicio y final entonces puedes aplicar un substring a esa variable, por ejemplo:

Set "var=text1,j=0.25,text2"
set "j=%var:~6,6%"
 
Echo:"%j%"

Si por lo contrario desconoces las posiciones de caracteres entonces no te queda más remedio que delimitar la variable (tokenizarla) y recorrer dicha variable con un búcle por tokens:

Set "var=text1,j=0.25,text2"
FOR /F "Tokens=2 Delims=," %%# IN ("%VAR%") DO (Set "j=%%~#")
Echo:"%j%"

...eso vendría a ser lo más parecido que el inutil Batch permite llevar a cabo para reproducir una especie de operación de string split (partir una cadena de texto en una determinada cantidad de partes como resultado de un caracter delimitador).

Saludos.