La solución es simple.
1) Abrir en un editor el archivo export_fbx.py en la carpeta de plugines de blender.
2) Abrir el buscador de texto y buscar: RelativeFilename Esto aparece dos veces y en las dos partes vamos a cambiar lo que sale en el punto 3.
3) Cambiar
Código
por
file.write('\n\t\tRelativeFilename: "%s"' % fname_rel) # make relative
Código
file.write('\n\t\tRelativeFilename: "%s"' % fname_strip) # make relative
Con eso va bien en la importacción a contenido de XNA
Un saludo!