Esto está completamente de más:
export MIPROGRAMA = "/home/miusuario/carpetadondeestamiprograma"
aunque debería funcionar, siempre que $MIPROGRAMA se mantenga en memoria. Pero no es lo que se suele hacer.
Lo que debes hacer es, si el fichero ya tiene permisos de ejecución, una cosa de dos: o agregás la ruta de la aplicación a $PATH (como te indicó dakomt), o haces un link soft al fichero dentro de alguna ruta declarada en $PATH, por ejemplo:
ln -s /home/usuario/scripts/tuscript /usr/bin/
Si optas por lo primero, deberías exportar $PATH con la nueva ruta agregada en tu bashrc, así:
export PATH=$PATH:/home/uduario/scripts
y luego hacerle un source a tu .bashrc.
Si optas por lo segundo, al estar /usr/bin/ ya declarada en $PATH, no tendrás que hacer nada más.
Saludos.