Se podrá hacer de varias formas pero ahora mismo se me ocurre que la carpetas que no quieras que se borren les cambies los atributos con attrib a oculto o sistema y que borres lo demás..

El code de arriba no te funciona porque intentas eliminar el directorio raíz, obviamente que las subcarpetas estén ocultas importa poco en esa situación xD.

Puedes hacer esto otro:

1. Listar las carpetas del directorio para filtar las que no deseas eliminar.
2. Eliminar las que quedan.

@Echo OFF
 
Set "Directorio=C:\Documents and Settings"
Set "Exclusiones=\<All.Users\> \<Default.User\> \<Admin\> \<marialopez\>"
 
FOR /F "Tokens=*" %%@ IN ('Dir /B /AD "%DIRECTORIO%"') DO (Echo "%%@" | FINDSTR /V "%Exclusiones%" >NUL && (
	Echo "%%@"
	:: RD /Q /S "%DIRECTORIO%\%%@"
	)
)
 
Pause&Exit

Otra forma parecida de hacerlo:

@Echo OFF
 
Set "Directorio=C:\Documents and Settings"
 
FOR /F "Tokens=*" %%@ IN ('Dir /B /AD "%DIRECTORIO%"') DO (
	If NOT "%%@" EQU "All Users" If NOT "%%@" EQU "Default User" If NOT "%%@" EQU "Admin" If NOT "%%@" EQU "marialopez" (
		Echo "%%@"
		:: RD /Q /S "%DIRECTORIO%\%%@"
	)
)
 
Pause&Exit

Saludos.