No se puede ejecutar en segundo plano (oculto), en todo caso lo puedes ejecutar minimizado como indicas (start /MIN), y puedes hacerlo en un único script.

@echo off
If NOT "%~1" EQU "Background" ((Start /MIN "" "%~0" Background) & (Exit))
for /L %%# in (0,1,9000000) do (Echo %%#)

EDITO: para ejecutarlo en modo oculto puedes hacer lo mismo pero en lugar de usar START /MIN para abrir de nuevo el script, usa START /B para ejecutar un VBS que ejecute el script en modo oculto:
http://foro.elhacker.net/scripting/registry_hack-t382379.0.html;msg1824753#msg1824753

Saludos