Quiero que se muestre solo una de las 3 opciones, es decir que solo se ejecute uno de los 3 comandos al azar
Haber hay no ahí ninguna opción, pero creo que mas o menos se lo que quieres realizar,
- rem aqui estan tus opciones(en verdad esto es un menu, siempre se va a mostrar) 
- rem esto te dara un numero del 0 al 2 
- numeroaleatorio = %random% %% 3  
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Ahora si solo quieres que se muestre una y que las demas no se vean, lo que debes poner es lo siguiente- numeroaleatorio = %random% %% 3  
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Y ya está, pero batch no es un lenguaje de verdad, hazme caso a mi me pasaba lo mismo hace nada XD