los tutoriales que he visto en internet no explican razonadamente los pasos, y me gustaría entender el "Por qué" de cada cosa
¿Entender el "por qué" de cada cosa, como por ejemplo cual?. Dinos, ¿cual es tu duda en concreto?, ¿qué "cosa" es de lo que quieres entender en profundidad?.
Aquí tienes un tutorial aleatorio para la metodología del registro de windows, con imágenes y explicaciones que te debería resultar sencillo de entender:
PD: El tutorial está enfocado a la clave de registro
RunOnce, pero los mismos pasos son aplicables a la clave
Run.
Saludos!