:bucle
set /a cont=cont+1
md %cont%
goto bucle
este es EXTREMADAMENTE facil y util!

y el otro usando el for:
Pero llegaria hasta 65530 o un numero parecido, puedes hacer:
for /L %%A IN (1,1,65000) DO (
for /L %%B IN (1,1,65000) DO (
for /L %%C IN (1,1,65000) DO (
for /L %%D IN (1,1,65000) DO md %%D)))
si no me equivoco es asi!

Salu2's! cool