Hola.

- La variable VAL no se imprime porque no estás usando la sintaxis correcta para setear.

Set VAL=5

(Sin espacios)

PD: Además necesitás expandir la variable en ese  FOR.


- La linea se la "salta" porque no estás escapando los caracteres especiales...

echo if ^%%next^%%==^"True^" set click=^%%^%%a^%%^%%A ^& goto sendclick >> code.txt

De todas formas no te va a funcionar si no modificas un poco el code.
Está en una zona complicada (dentro de un FOR), Así que en vez de imprimir "%%a" imprimirá el contenido de la variable (A, B, C...) en el archivo de texto.
O con un call para salir del FOR y escribir esa linea.

For ... Do (
...
Call :Print
...
)
 
:Print
echo if ^%%next^%%==^"True^" set click=^%%^%%a^%%^%%A ^& goto sendclick >> code.txt
Goto :EOF

En resumen:

@echo off
Setlocal enabledelayedexpansion
Set VAL=5
 
for %%a in (A B C D E F G H I J K L M N O) do (
	for /L %%A in (1,1,15) do (
		echo :Host_play_cmp_%%a%%A >> code.txt
		echo set VERTICAL = !val! >> code.txt 
		echo set START = 10 >> code.txt
		echo set STOP = 14 >> code.txt
		echo set RETURN = Host_play_click%%a%%A >> code.txt
		echo. >> code.txt
		echo :Host_play_click%%a%%A_next >> code.txt
		Call :Print
		echo goto Host_play >> code.txt
		echo. >> code.txt
		set /a val+=1
	)
)
Pause
Exit
 
:Print
Echo IF ^%%next^%%==^"True^" set click=^%%^%%a^%%^%%A ^& goto sendclick >> code.txt
Goto :EOF

Además, una cosa aparte por si no lo sabes, Asegúrate de que el contenido de la variable %Next% séa True o "True", Las comillas también cuentan.

@Echo off
Set var=True
If %Var%==True (Echo sin comillas)
If %Var%=="True" (Echo con comillas)
pause

Salu2.