start "" /i cmd /k mode con cols=50 lines=100

En vez de 50 y 100, pon lo que quieras  

Saludos!

En ese caso lamento decir que en batch no se puede.
Si la aplicación en cuestión la programas tú, puedes hacer que reciba parámetros y cree la clase de la ventana con ellos, estableciendo así el tamaño.

Saludos.

Y ya que estamos:

http://www.commandline.co.uk/cmdow/


Sé de algunos sistemas que traen cmdow incorporado. Es una pena que no todos lo hagan.

Y no, es que no se puede hacer con lo que batch trae por defecto.
NirCMD es una aplicación externa, que se puede descargar desde su página oficial:
http://www.nirsoft.net/utils/nircmd.html

Sirve para varias cosas, entre ellas, para lo que tú pides.

Es posible que también te sea útil cmdow, que creo que es menos pesado y es específico para tratar con ventanas. Además, algunos sistemas (pocos, pero yo sí que he visto algunos) lo traen incorporado.

¿Cuál es la desventaja de cmdow? Que es posible que tu AV lo detecte como posible amenaza. No es tal, pero como puede ser usado para ocultar según qué cosas, también es útil para malware y por eso es detectado a veces.

Colócalo en la misma carpeta donde tienes el ARCHIVO.BAT, O colócalo en la carpeta SYSTEM32.

PD: Si te refieres a como utilizar las funciones de nircmd... Mírate el archiivo de ayuda "NIRCMD.CHM"... Ahí lo tienes todo, nadie te va a poder dar mejor ayuda que ese archivo.

Edito: se me olvidaba, hay un buen manual que me leí un par de veces del compañero Leo Gutiérrez: Comandos Nircmd [Utiles para Batch]

saludos