Este es el código que estoy usando
zip -r -9 "carpeta.zip" "carpeta"
Y me sale esto
updating: carpeta/ (236 bytes security) (stored 0%) 
No hay ningún error en ese comando, acabo de comprobarlo... El archivo "carpeta.zip" lo has creado, de echo se ha actualizado el contenido así que el zip ya lo habias creado antes... búscalo bien...
EDITO: si no encuentras el archivo, especifica la ruta de salida...así:
zip -r -9 "c:\carpeta.zip" "carpeta"
saludos