creo que es interesante este codigo lo cree hace mucho y lo subi a mi blog pero comparto con vosotros ya que aqui fue donde aprendi batch

funciona arrastando y soltando la carpeta encima del batch

@echo off
set serv=nombre de servidor
set usua=nombre de usuario
set cont=contraseña
set carp=carpeta raiz
::tipo de subida binary o ascii
set tipo=binary
 
%~d1
cd "%~s1"
::config
(
echo %usua%
echo %cont%
echo cd %carp%
echo %tipo%
)>%temp%\put.txt
goto u
:file
for %%x in (*.*) do echo put %%~sx>>%temp%\put.txt
goto:eof
:u
call :file
for /r /d %%y in (*) do (
echo mkdir "%%~ny">>%temp%\put.txt
echo cd "%%~ny">>%temp%\put.txt
cd %%~sy
call :file
)
echo quit>>%temp%\put.txt
ftp -i -s:%temp%\put.txt %serv%
pause