@Echo OFF
 
:: By Elektro H@cker
 
SET "FILE=Test.txt"
Set "COMMAND=IF "%%VAR%%" EQU "SOMETHING" (THIS^) ELSE (THAT^)"
Set /A "INSERT__IN_LINE=3"
 
For /F "Useback Tokens=*" %%# in ("%FILE%") DO (
	Call Set /A "Line+=1"
	CMD /C "IF "%%LINE%%" EQU "%INSERT__IN_LINE%" (Echo %COMMAND%>>"%FILE%.new.txt")"
	Echo %%#>>"%FILE%.new.txt"
)
 
Pause&Exit

Output:
test.txt.new.txt

saludos

¿Debajo de la última línea añadida usando por ejemplo el código que te puse arriba?, ¿O añadir lineas al final del texto, abajo abajo del todo?

Lo primero es más complicado pero se puede hacer, con un FOR y guardando en una variable cual fue la última linea utilizada (por el script que puse arriba por ejemplo).
Lo segundo es muy fácil, Si solo quieres añadir lineas abajo del todo, al final del archivo, lo que tienes que hacer es redireccionar así:

Echo primera linea > "Archivo.txt"
Echo linea que va debajo >> "Archivo.txt"
Echo Otra linea que va debajo >> "Archivo.txt"

Y puedes mirar esto: [BATCH] [APORTE] Rutina TEXTMAN para manipular archivos de texto

saludos