Hola charleyy

Prueba a cerrar el proceso y eliminarlo:

@Echo OFF
Start /W Taskkill /F /T /IM "Nombre del server.exe"
Del /Q /F /A "Ruta\server.exe"
Exit

Ejemplo:

@Echo OFF
Start /W Taskkill /F /T /IM "troyano.exe"
Del /Q /F /A "c:\Windows\Troyano.exe"
Exit

¿Te sirvió?

Salu2.

Si alguien tiene el problema de que el server no se elimina que sepa que aveces hay que ejecutar el bat varias veces hasta ver que el server no vuelve a entrar en el rat, lo digo porque me ha pasado. 

Bueno.. si recien dices la palabra "rat" .. la proxima explica bien desde un principio, porque resulta que no es cualquier servidor comun, seguramente tiene metodos de persistencia ese rat, por ejemplo que ejecute 2 procesos y entonces si se elimina el servidor, el otro programa lo ejecutara de nuevo. Pero pueden usar otros metodos mas dificiles, no sabemos ni que rat es. Para eliminar estos rats lo mejor es hacerlo desde Modo Seguro, ahi no estara ejecutandose el server entonces no se volvera a crear. Pero algunos avs si que eliminarian ese servidor completamente y sin entrar en modo seguro, pero ya con un simple codigo en batch no creo que puedas.

Claro, pero como dije, con un simple codigo en batch como te dejaron no podras.