Hola.

Creo que tienes un problema con las configuraciones.

has puesto diferentes Ips en las redes del router del medio, tendría que ser así.

RED A:
TODAS LAS PC ESTAN CONFIGURADAS
CON IP 192.168.0.X
MASCARA 255.255.255.0
GATEWAY 192.168.0.1

RED B:
TODAS LAS PC ESTAN CONFIGURADAS
CON IP 192.168.5.X
MASCARA 255.255.255.0
GATEWAY 192.168.5.1

ROUTER 1
Fast ethernet 0/0 192.168.1.1
Fast ethernet 0/1 192.168.0.1

ROUTER 2
Fast ethernet 0/0 192.168.1.2
Fast ethernet 0/1 192.168.4.2

ROUTER 3
Fast ethernet 0/0 192.168.4.1
Fast ethernet 0/1 192.168.5.1

Si no el router del medio no se encuentra en ninguna de las redes de los de las esquinas.

Luego estará la tabla de rutas de los routers de las esquinas, tendrás que apuntar todo el tráfico por defecto (el que no va dirigido a su red privada) hacia e otro router de la esquina, esto en caso de que quieras que cualquier petición de cualquier IP distinta a su red interna se vaya hacia la otra red.

De estas forma:

ROUTER 1
tráfico por defecto:
0.0.0.0 -> 192.168.1.2

ROUTER 3
tráfico por defecto:
0.0.0.0 -> 192.168.4.2

En caso de que quieras que solo los paquetes de las IPS pertenecientes a las otras redes vayan hacia las otra redes deberías hacerlo así.

ROUTER 1
tráfico ips 192.168.5.*
192.168.5.0 -> 192.168.1.2
tráfico ips 192.168.4.*
192.168.4.0 -> 192.168.1.2

ROUTER 3
tráfico ips 192.168.0.*
192.168.0.0 -> 192.168.4.2
tráfico ips 192.168.1.*
192.168.1.0 -> 192.168.4.2

Suerte y paciencia