Así como hay aplicaciones, hay puertos a usar, independientes y particulares de dichas aplicaciones. Son sus vías de entradas/salidas, y de requerir servicios. No es necesariamente una vulnerabilidad, a no ser que la aplicación la contenga y sea explotada por un programa malicioso. Aplica también al SO y/o su sistema de protección, entiéndase firewall y antivirus.
Por ende, la lista de vulnerabilidades por programas/puertos, sería infinita. Así como sus contrapartidas o parches.
Una idea de lo que solicita.
Le diré, que las conexiones TCP y UDP, tienen sus metodologías de conexión, siendo, debido a ello, la más vulnerable la UDP, por ello es la más rápida. Sugiero ver características en la Wikipedia.
Con respecto a los puertos: Los más usados son:
53              <<<< DNS
80              <<<< http
443            <<<< https
8080          <<<< Proxy server
8443          <<<< Proxy server
8080, 8443, son muy usados precisamente por su familiaridad numérica con los anteriores.
Estos puertos son los “más” usados (¨bien conocidos”), y en sí, como todos los puertos, no constituyen una vulnerabilidad. Solo es un acceso de entrada y salida de aplicaciones solicitando servicios.
Existen muchos otros, como los usados en protocolos de email:
IMAP: 585, 993    <<<Pueden ser otros, depende del proveedor de email.
POP3: 995           <<<Pueden ser otros, depende del proveedor de email.

Resumen de la política de distribución, en general:

“-Puertos bien conocidos: Los puertos inferiores al 1024 son puertos reservados para el sistema operativo y usados por "protocolos bien conocidos" como por ejemplo HTTP (servidor Web), POP3/SMTP (servidor de e-mail) y Telnet. Si queremos usar uno de estos puertos tendremos que arrancar el servicio que los use teniendo permisos de administrador.

-Puertos registrados: Los comprendidos entre 1024 y 49151 son denominados "registrados" y pueden ser usados por cualquier aplicación.

-Puertos dinámicos o privados: Los comprendidos entre los números 49152 y 65535 son denominados dinámicos o privados, normalmente se asignan en forma dinámica a las aplicaciones de clientes al iniciarse la conexión. Su uso es poco común son usados en conexiones peer to peer (P2P)

-El puerto 0 está reservado, pero es un valor permitido como puerto origen si el proceso emisor no espera recibir mensajes como respuesta.”

Fuente: Wikipedia.

Para evitar la explotación de puertos abiertos y de obligada función, están los firewalls + los antivirus + políticas de seguridad.
A modo de resumen y como ejemplo vulgar, pudiera ponerse la metáfora de: Puertos = Puertas / Aplicaciones = Personas / Sistema de Seguridad = Cerraduras y cámaras de vigilancia / Malware = Ladrón. TCP ó UDP = Forma de entrar la persona: a pie o en coche.

Espero haberle hecho una idea. El listado de malwares y exploits serían inmensos. Si tiene los conocimientos, puede hacer el que necesita. Tenga en cuenta las defensas.

[Mod]

Se me olvidó decirle lo más importante: Para cuando un malware está en una lista, ya está obsoleto. Solo sería útil su metodología a modo de ejemplo y corrección perfeccionista.