Bueno ya lo he conseguido poner solo, pongo el codigo por si alguien lo buscaba:
1º en el manifiesto le decimos que lo ejecute como admin
2º codigo:
'Variable para el nombre de nuestro Exe
Dim Np As String
'variable para la Ruta de nuestra aplicación
Dim Ruta As String
'Variable de objeto
Dim MiObjeto As Object
'Seteamos la variable y creamos la referencia
MiObjeto = CreateObject("Wscript.Shell")
Np = "notepad.exe" 'nuestro programa junto con su extensión
Ruta = "C:\Windows\notepad.exe" ' la ruta de nuestro programa
'Escribimos el valor en el registro
MiObjeto.RegWrite("HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run\" & np, Ruta)
'Eliminamos la variable
MiObjeto = Nothing