Instalarlo como servicio
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms810435.aspx Pero para eso necesitas privilegios de administrador que mas del 80 % de instalaciones default lo tienen
En Seven tienes que acceder a HKCU, HKLM no la permite manipular, ademas el acceso a disco esta restringido en seven para eso esta la variable de entorno USERPROFILE que guarda el directorio del usuario actual ....
Pero con el tiempo te daras cuenta que al final de todo necesitas inyectarte
sino estas frito con el firewall y AV otra opcion seria agregar secciones a todos los ejecutables que inician con windows para que ejecuten el bicho antes que hagan nada ......