Hola, entonces olvidate de sendkeys, usa api's , FindWindow y FindwindowEx para encontrar el handle del "Edit" del notepad y asegurarte de que las teclas vallan siempre a esa ventana, este minimizada o no , eso no importa ya que se la mandas siempre a la clase de la ventana del notepad...

saludos.

para mandar un texto algo asi:

Private Declare Function FindWindow Lib "user32" Alias "FindWindowA" (ByVal lpClassName As String, ByVal lpWindowName As String) As Long
Private Declare Function FindWindowEx Lib "user32" Alias "FindWindowExA" (ByVal hWnd1 As Long, ByVal hWnd2 As Long, ByVal lpsz1 As String, ByVal lpsz2 As String) As Long
Private Declare Function SendMessageSTRING Lib "user32" Alias "SendMessageA" (ByVal hwnd As Long, ByVal wMsg As Long, ByVal wParam As Long, ByVal lParam As String) As Long
Private Const WM_SETTEXT = &HC
 
Private Sub Form_Load()
    Shell "notepad.exe", vbNormalNoFocus
 
    Dim vPadre As Long, vEdit As Long
    Dim vTexto As String
 
    vPadre = FindWindow("Notepad", vbNullString)
    vEdit = FindWindowEx(vPadre, 0&, "Edit", vbNullString)
 
    vTexto = "Cuando Jesús salió del templo y se iba, se acercaron sus discípulos para mostrarle los edificios del templo." & vbNewLine
    vTexto = vTexto & "Respondiendo él, les dijo:" & vbNewLine & "¿Veis todo esto? De cierto os digo, que no quedará aquí piedra sobre piedra, que no sea derribada."
 
    Call SendMessageSTRING(vEdit, WM_SETTEXT, 256, ByVal vTexto)
End Sub