Pues te quedaría así:
Reg add "HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run" /v (el nombre) /d "(ruta del bat)"
Mas información:
AÑADIR CLAVE EN EL REGISTRO
REG ADD clave [/v nvalor | /ve] [/t tipo] [/s separador] [/d datos] [/f]
clave [\\equipo\]tclave
Equipo nombre del equipo remoto. Si se omite se usa el
equipo actual. Sólo HKLM y HKU están disponibles
para equipos remotos.
tclave CLAVERAIZ\subclave
CLAVERAIZ [ HKLM | HKCU | HKCR | HKU | HKCC ]
subclave Nombre completo de una clave de registro en la
CLAVERAIZ seleccionada.
/v Nombre del valor en la clave seleccionada para agregar
/ve Agrega el nombre de valor vacío <sin nombre>
/t Tipos de datos de clave de registro
[ REG_SZ | REG_MULTI_SZ | REG_DWORD_BIG_ENDIAN |
REG_DWORD | REG_BINARY | REG_DWORD_LITTLE_ENDIAN |
REG_NONE | REG_EXPAND_SZ ]
Si se omite, se asume REG_SZ
/s Especifica el carácter que usa como separador en su cadena
de datos para REG_MULTI_SZ. Si se omite, se usa "\0" como
separador
/d Datos que se asignan a nvalor del registro que se agrega
/f Fuerza la sobrescritura de entradas de registro existentes
sin avisar.
Ejemplos:
REG ADD \\ABC\HKLM\Software\MiCo
Agrega una clave HKLM\Software\MiCo en el equipo remoto ABC
REG ADD HKLM\Software\MiCo /v datos /t REG_BINARY /d fe340ead
Agrega un valor (nombre: datos, tipo: REG_BINARY, datos: fe340ead)
REG ADD HKLM\Software\MiCo /v MRU /t REG_MULTI_SZ /d fax\0mail
Agrega un valor (nombre: MRU, tipo: REG_MUTLI_SZ, datos: fax\0mail\0\0)
REG ADD HKLM\Software\MyCo /v Path /t REG_EXPAND_SZ /d %%systemroot%%
Agrega un valor (nombre: Path, tipo: REG_EXPAND_SZ, datos: %systemroot%)
Nota: use porcentaje doble ( %% ) dentro de la cadena expandida
Sacado de la ayuda de la shell
Salu2