Existen muchas maneras de hacerlo la más común es tener un Stub/Server o como quieras llamarlo, compilado donde le añades la información al final del archivo, este al ejecutarse se abre como binario, y busca la info al final del archivo.

Yo no recomiendo este método, primero por que escribes mucho código aún existiendo métodos más simple, y otra por que algunos AV's detentan si hay información al final del archivo que no sea del programa y este es detectado.

La manera correcta sería,
Tener un Server/Stub que use archivos de recursos, por que la información es fácil de obtener, y de modificar desde otro EXE..,
Tu aplicación lo único que tendrá que hacer será llamar a unas API's para añadir la información a los recursos del otro ejecutable.

y la otra manera que podría ser la mejor, incluir el compilador de VB6
Así simplemente generas el proyecto y lo compilas

SaluDOS!!!