Totalmente, yo diría que es una de esas cosas indispensables. Sé que existen aplicaciones para hacer todo eso, pero por razones muy obvias tenemos más libertad al hacerlo en papel.
Ahora si tu pregunta era referente a hacer el esquema o simplemente trabajar con lo que se tiene en la cabeza y confiar todo a la memoria, entonces te diré que si tu aplicación es muy complicada como dices, entonces lo más recomendable es que utilices el papel.

De hecho el papel (después de la cabeza) es el primer depurador.

Que tengas suerte y no olviden que hay un concurso de programación aquí en elhacker.net 

Al menos yo hago TODO en papel, luego paso al ordenador.

Salvo cosas MUY sencillas.

MUY recomendable para el órden y el trabajo que genera dudas de alto nivel.

Saludos.