Es bueno que preguntes esto, y es bueno porque Java es simplemente genial a la hora de conectarse a una base de datos. Pero primero lo primero.

Aparte de Eclipse lo que necesitas es el JDK (Java Development Kit)y el JRE (Java Runtime Enviroment), Pero si tienes andando eclipse quiere decir que ya tienes el JRE si creas un proyecto y no se queja por el JDK quiere decir que también lo tienes. En todo caso te dejo un link donde explican la instalación de estos dos de manera muy completa.

Ahora si vas a programar en Java no tienes que preocuparte en ningún momento la plataforma en la que tu programa vaya a ser ejecutado, cualquier sistema que tenga a su disposición una JVM (JRE) será suficiente.

Cuando ya tengas todo esto (y sospecho que ya lo tienes) estás listo para seguir.

Java usa el sistema JDBC que está inspirado en ODBC lo que te permite ingresar a casi cualquier Base de datos basada en SQL de una manera genérica, así que puedes entrar a casi cualquier DB sin cambio (significativo) alguno es extremadamente portable.

Aqui puedes encontrar muy buena documentación sobre JDBC: http://docs.oracle.com/javase/tutorial/jdbc/index.html Afortunadamente Java es uno de los lenguajes más documentados y muy organizados en su documentación, es casi seguro que si necesitas información sobre una clase o un método, o como usarla con ejemplos, en el primer resultado de google te encontrarás con la documentación de Oracle (original de Sun), si tienes una duda muy específica es probable que ya alguien lo haya preguntado antes en StackOverflow, y si te entra una duda de seguro que también en StackOverflow te la contestan en tiempo record y con calidad innigualable, Claro siempre puedes acudir al foro para tus dudas =)!

Respecto a las GUIs pues existen dos APIs muy populares para esta labor son Swing y SWT, también ampliamente documentadas, por supuesto Eclipse tiene soporte de creación de GUIs visual para las dos.

Java es un lenguaje muy bonito, existe una clase para casi cualquier cosa, gracias a esto te puedes concentrar plenamente en el funcionamiento específico de tu programa, y creo que es perfecto para tus necesidades. Si necesitas algún documento de Java solo hazlo saber.

Saludos

Hola amigos

Como les comente instale eclipse en Debian Squeeze y bueno leyendo un poco en google y en vista de mi necesidad de crear aplicaciones graficas de una manera rapida al estilo Visual Studio de MS, pues encontre que podria usar Visual Editor y WindowBuilder, y me gustaria que me ayudaran a instalar este plugin y tambien una explicacion de como exporto la variable de entorno en Debian.
Ya estoy ansioso por empezar a programar alli y bueno, les cuento que ya baje el controlador JDBC para SQL Server de la MS http://www.microsoft.com/downloads/es-es/details.aspx?familyid=a737000d-68d0-4531-b65d-da0f2a735707&displaylang=es y tambien he bajado unos pdfs muy sencillos de jbdc pero por algo se empieza, sin embargo si me pueden proveer de pdfs mas nutridos con mucha informacion sobre jdbc seria genial. He bajado La Biblia Java 2, entre otros para aprender java desde cero.
Espero me puedan seguir echando la mano con sus valiosos consejos amigos, para programar con Java usando el IDE Eclipse en Debian Squeeze.

Saludos

Tienes que buscar la ruta donde tienes instalado java y exportar la variable de entorno... para hacer el proceso de búsqueda "automatizado" en el caso de que no tengas claro donde puede estar el directorio donde se encuentra instalado, ejecuta una búsqueda con el comando "find" por ejemplo:

find / -name *java