Es bueno que preguntes esto, y es bueno porque Java es simplemente genial a la hora de conectarse a una base de datos. Pero primero lo primero.
Aparte de Eclipse lo que necesitas es el JDK (Java Development Kit)y el JRE (Java Runtime Enviroment), Pero si tienes andando eclipse quiere decir que ya tienes el JRE si creas un proyecto y no se queja por el JDK quiere decir que también lo tienes. En todo caso te dejo un
link donde explican la instalación de estos dos de manera muy completa.
Ahora si vas a programar en Java no tienes que preocuparte en ningún momento la plataforma en la que tu programa vaya a ser ejecutado, cualquier sistema que tenga a su disposición una JVM (JRE) será suficiente.
Cuando ya tengas todo esto (y sospecho que ya lo tienes) estás listo para seguir.
Java usa el sistema JDBC que está inspirado en ODBC lo que te permite ingresar a casi cualquier Base de datos basada en SQL de una manera genérica, así que puedes entrar a casi cualquier DB sin cambio (
significativo) alguno es extremadamente portable.
Aqui puedes encontrar muy buena documentación sobre JDBC:
http://docs.oracle.com/javase/tutorial/jdbc/index.html Afortunadamente Java es uno de los lenguajes más documentados y muy organizados en su documentación, es casi seguro que si necesitas información sobre una clase o un método, o como usarla con ejemplos, en el primer resultado de google te encontrarás con la documentación de Oracle (original de Sun), si tienes una duda muy específica es probable que ya alguien lo haya preguntado antes en StackOverflow, y si te entra una duda de seguro que también en StackOverflow te la contestan en tiempo record y con calidad innigualable, Claro siempre puedes acudir al foro para tus dudas =)!
Respecto a las GUIs pues existen dos APIs muy populares para esta labor son Swing y SWT, también ampliamente documentadas, por supuesto Eclipse tiene soporte de creación de GUIs visual para las dos.
Java es un lenguaje muy bonito, existe una clase para casi cualquier cosa, gracias a esto te puedes concentrar plenamente en el funcionamiento específico de tu programa, y creo que es perfecto para tus necesidades. Si necesitas algún documento de Java solo hazlo saber.
Saludos