Probablemente tengas diferentes codificaciones configuradas en los Eclipses.
En Eclipse, ve a "Window > Preferences: General > Workspace". Ahí verás abajo a la izquierda una casilla para elegir el encoding. Asegúrate de que es la misma en ambos Eclipses.
gracias por contestar, voy a ver esa opcion. Un detalle que no comenté y que alomejor tiene que ver es que los equipos a los que muevo el proyecto, uno trabajo en Linux y en otro en Windows
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