La diferencia visual más destacable entre una aplicación de consola y una aplicación Windows Forms es la interfaz de usuario, una es por linea de comandos y la otra es gráfica, pero ambos tipos de proyecto y aplicación se programan mediante la librería de clases de .NET Framework, es decir, son "el mismo código"... aunque a simple vista te parezca lo contrario.

Lo que ocurre es que una interfaz gráfica de usuario en Windows Forms implica la necesidad de ejercer el uso de programación orientada a eventos mediante métodos conocidos como controladores de eventos (event handlers en Inglés). Para que lo entiendas, es código que se basa en la suscripción a los eventos de los controles del form como respuesta a la interacción del mismo (ej. lo que debe ocurrir al hacer click en un Button, o al escribir algo en un TextBox), y eso es lo que probablemente te ha podido resultar tan diferente, ya que logicamente y por naturaleza una aplicación de consola no implica la necesidad de usar controles de una interfaz gráfica con todo lo que ello conlleva, aunque se puede hacer exactamente lo mismo en Windows Forms que en una aplicación de consola, me refiero a añadir controles y suscribirse a los eventos de estos, solo que no es algo común por que no suele haber verdadera necesidad.


Eso depende de cuales sean tus objetivos. Si el objetivo es laboral entonces solo debes mirar a tu alrededor para ver cuantas aplicaciones de consola se comercializan en comparación con aplicaciónes de inerfaz gráfica. Logicamente lo que más demanda el usuario son aplicaciones con interfaz gráfica, por ende, a largo plazo te resultará mucho más beneficioso aprender Windows Forms.

Ya puestos, y si verdaderamente quieres exprimir el máximo potencial de .NET Framework entonces podrías empezar a aprender WPF, una tecnología mucho más sofisticada que Windows Forms y más profesional, de hecho es la evolución de Windows Forms. Pero aquí ya si que cambian muchos conceptos y deberías aprender casi desde cero (aunque por otro lado estás en el mejor momento para decidir hacerlo).

Otra opción interesante sería aprender a programar en C# para Xamarin con el objetivo de abarcar el mercado de aplicaciónes para móvil.

Saludos.