Me entreveré mucho, sorry, creo que es así:

Una vez obtenido esto
array2 = ["1", "4", "13", "9", "14"]
hacemos:
Repites eso 4 o 5 veces, aunque cada vez se requieren menos ifs.

Hacerlo prolijo y usando sólo 1 repetición o 2, te lo dejo a ti xD

Muchas gracias, lo implementé de esta forma que me pareció sencilla. Lo implementé en js de forma un poco cutre jaja. Ya lo mejoraré:

function SMOA(TextCif, Contrasenha)
{
var temp = "";
var temp2 = 0;
var ct = Contrasenha.length;
 
    for(var j = 0;  j < TextCif.length; ++j)
   {
      for(var i = 0;  i < TextCif.length-1; ++i)
      {
       temp2 = i;
       ++temp2;
         if ( temp2 < ct || temp2 == ct)
         { 
            if (Contrasenha[i] > Contrasenha[temp2])
            {
            temp += TextCif[temp2];          
            TextCif[temp2]=TextCif[i];            
            TextCif[i]=temp[0];
            temp = ""; 
            }   
         }     
      } 
   } 
return TextCif;
}

Estaba intentando implementarlo como dices engel lex antes de crear el tema en el foro pero me quedaba mucho código y un batiburrillo.

Es parte de una librería sencilla en javascript que estoy creando con un cifrado que quiero que sea irrompible basándome en el principio de que todas las posibilidades son igual de frecuentes estadísticamente.

Por ejemplo "hola que tal" 12 caracteres dara un resultado que al intentar romperlo dará todas las combinaciones posibles de caracteres de 12 caracteres. Es decir, el texto original podría ser:
"aaaaaaaaaaaa" o "qbfkwusbwp1;$" o "adios amigos", etc.

Ahora estoy mirando de que forma fixear el tamaño a un tamaño concreto sin limitar la cantidad de entrada sin rompear la equidad estadística.

Los cifrados actuales basan su seguridad en capacidad de cómputo, y no me convence ya que teóricamente todos puede romperse dada X capacidad de cómputo e Y tiempo.

St..Man... Eso es implementar una tabla indexado por otra.

Sea el ASCII. que como sabes va de 0 a 255 (que se supone es el punto de partida), donde (por ejemplo) la 'A' ocupa la posiciópn 65, pero en tu caso ocuparía la posición 0...

MiTabla(0) = ASCII(65)
igual para el resto...

Si van contíguos, podría usarse un bucle, por ejemplo supuesto el caso de una tabla con las 26 mayúsculas:

Ahora 'Mitabla(7)' tendrá la 8ª letra, osea la 'H', el valor 72.
Posteriormente puede usarse en la forma: ASCII(Mitabla(7))

Tiene todo que ver... si cada valor en el array tiene siempre la misma equivalencia en el otro (perdona pero la explicación dada al comienzo es demasiado parca, como para terminar de entender su propósito).

Y si es siempre cambiante, o debe serlo, entonces usa el algoritmo de Fisher-Yates que es esa precisamente su funcionalidad.

te recomiendo leer sobre como funcinoa rijandel (la base de aes) para no tener que depender de aleatorios... especialmente de aleatorios de "alto nivel"