Utilizar variables de entorno sería la solución más corta y secilla, pero solo tendría sentido si el algoritmo que lee ese archivo.conf estuviese desarrollado para soportar variables de entorno, pero ya dices que lo has probado y no sucede nada, es decir, el programa no detecta ni expande las variables, y suponiendo que lo hayas comprobado bien entonces eso simplemente significa que no es posible, por que el autor del software no ha tenido en cuenta la posible utilización de variables de entorno en sus archivos .conf.

Pues obviamente a falta de soporte lo único que puedes hacer es editar manualmente el archivo, utilizando aplicaciones externas cómo SED, o mediante un lenguaje de programación.

Algo tan simple cómo este Batch-script sería una buena solución para resolver el problema suponiendo que el archivo.conf no esté dividido por secciones cómo puede estarlo un archivo.ini:

@Echo OFF
(Echo Dir:Savestates = %LocalAppData%\SquareEnix\Chrono Trigger\Saves)>>".\Archivo.conf"
Exit /B 0

Simplemente elimina la linea original del archivo.conf, y al distribuir el archivo en otro PC la añades la linea con ese script o con el lenguaje de programación que estés utilizando.

PD: En el ejemplo no he encerrado la ruta con comillas dobles ya que tu tampoco lo has hecho y no se si el emulador en cuestión necesita que la ruta esté encerrada o abierta, pero supuestamente deberías encerrarla entre comillas dobles.

Saludos.