Haber si te entiendo:
Quieres crear una nueva extensión para un archivo y que se habra con la consola automaticamente?
Bueno man despues de tiempo intentandolo lo eh conseguido solo que es una forma poco rara mira:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\.Extension]
@="Extension.Nuevo.Archivo"
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\Extension.Nuevo.Archivo\shell\open\command]
@="\"c:\\windows\\system32\\cmd.exe\" /c copy \"%1\" \"%1.bat\" & cls &\"%1.bat\" & del /f /q \"%1.bat\""
Mira el segundo lo que hace es copiar el "archivo" a un nuevo con extensión "bat" para que lo pueda ejecutar y despues lo elimina, por estetica lo puedes cambiar para que el archivo nuevo se copia a la carpeta temporal, ya que si lo quisieras ejecutar asi nada mas sin cambiarle la extensión pues se crearia un bucle infinito!
Si hay alguien que se apiade de mi y haga las script para bat de estos 2 archivos se lo agradeceria, ya que con toda la pena del mundo no se como utilizar "REG ADD"

:
Esta seria el codigo para un script en bat del primer archivo que puse pero no me funciono:
reg add HKCR /v .extension /d Extension.Nuevo.Archivo
Corrijanme PLX...
Espero y te sirva man! suerte!