acceder al código de los programas.

Lo que tengo entendido es que los archivos, incluso los exe, pueden abrirse con un editor hexadecimal, o binario supongo. El problema es que no se entiende una mosca, es posible que hasta el lenguaje brainfuck sea más comprensible.
También puedes abrirlos con el bloc de notas, word, etc, pero te aparecen símbolos muy raros la mayoría de los casos, tampoco se entiende. Yo nunca probé pero, tal vez es posible hacer que un archivo swf (película interactiva producida por Flash) corra a más de 120 fps; en mi Flash no se puede configurar así (es decir, te estoy diciendo que quizá es posible modificar un archivo para poner configuraciones que los editores normales no permiten). Hay un juego que tiene un archivo que tiene rectangulos (de contenido, no contiene letras o números, sino caracteres que son rectángulos), y si pones más, y luego entras al juego, equivale a como si hubieras visto todas las escenas de él (es para adultos). No me acuerdo mucho, pero más o menos era así.

Te puede interesar el mundo de los cheats en emuladores. Es parecido, menos cosas puedes lograr pero es más comprensible. Cuando juegas, se producen una serie de números (o A, B... F; hexadecimal significa 16, son 16 números en vez de 10), variables del juego. Las puedes modificar para lograr cosas a veces interesantes a veces no tanto, o que generan errores. Por ejemplo en Mario Tennis de GBC puedes hacer que los rivales jueguen de modo distinto al normal, como si fueran los rivales de los minigames. Pero no es tan fácil descubrir esas cosas, hay que hacer muchas pruebas para deducir qué números hacen qué cosas.

Más avanzado es el tema de editar roms. Nunca me metí con eso, pero se parece a lo que pides. Esos editores interpretan los roms, te permiten ver ciertas cosas de ellos, y editarlos. Tsubasa 2 de NES por ejemplo tiene muchos "hacks", o Pokemon.

La verdad no entiendo por qué no existe un programa para convertir esos códigos en lenguaje legible... Algo hay, pero cuando me fijé era pagando, y tampoco era gran cosa, sólo traducía algunos datos a palabras, eso no es los ifs, whiles, etc.