Algunas aplicaciones están escritas en C# + Xaml donde puedes ver practicamente el source porque viene sin ningún tipo de ofuscación, pero creo que esas aplicaciones no te interesan tanto (ya que son ModernApps).

La mayoría de aplicaciones de Windows están escritas en C/C++ y la verdad es que nunca me ha dado el gusanillo de intentar inspeccionar las instrucciones del source de estas aplicaciones (tampoco se si sería capaz de conseguirlo, no soy ningún experto en la ingenieria inversa) pero supongo que con la ayuda de un dissasembler y un decompiler podrías ver un source PARCIAL de las aplicaciones que te interesan (CommandLine) que vienen en Windows, imagino que el método sería el mismo como con cualquier otra aplicacion de terceros.

Saludos!