#include <stdio.h>
 
int main()
{
    int i,j,k,p=-1;
    int num[]={1,2,3,4};
    int v1[4][4]={{1,2,3,4},
                 {4,3,1,3},
                 {2,1,4,2},
                 {3,4,2,1}},
       v2[4][1]={0,
                 1,
                 0,
                 1};
    int b[4][4]={0},d[4][4]={0};
    for (k=0;k<4;k++){
      p++;
        for (i=0;i<4;i++){
            for (j=0;j<4;j++){
               if (v1[i][j]==num[p]) {
                  b[k][j]=v1[i][j];
                  d[k][j]=v2[i][0];
               }
            }
         }
    }
   for (i=0;i<4;i++){
      for (j=0;j<4;j++){
         printf ("%d  ",b[i][j]);
      }puts ("\n");
   }
   puts ("\n");
   for (i=0;i<4;i++){
      for (j=0;j<4;j++){
         printf ("%d  ",d[i][j]);
      }puts ("\n");
   }
    return  0;
}
 

Muchisimas gracias! Pero podrias poner que hace cada cosa? :| Es que no lo acabo de entender  

int num[]={1,2,3,4};<==array con los numeros de la matriz inicial.
............................
for (k=0;k<4;k++){
      p++; <==inicio e incremento el array "num"
        for (i=0;i<4;i++){
            for (j=0;j<4;j++){
               if (v1[i][j]==num[p]) { <==voy cogiendo los distintos numeros de la matriz: el 1,2,3,4
                  b[k][j]=v1[i][j]; <==para cada num lo coloco en la linea correspodiente:los 1 en la primera, los 2 en la segunda ......
                  d[k][j]=v2[i][0]; <==veo las coincidencias con la matriz de control, la de ceros y unos y los meto en otra matriz 
               }
            }
         }
    }
Pero como te comente, corre el programa y veras que te da la matriz
 "b"         "d"
1 1 1 1      0011
2 2 2 2      0010
3 3 3 3      1101
4 4 4 4      1100