#include <stdio.h>
int main()
{
    int i,x1=0, x2=0,x3=0,x4=0,x5=0,x6=0;
    FILE* fichero,*fich;
    fichero = fopen("combiLuis.txt", "r");
    if (fichero == NULL)
        {
        printf("No existe el fichero!\n");
        return 1;
        }
   fich = fopen("CombiDiferanciasLuis.txt", "wt");
    if (fich == NULL)
        {
        printf("No existe el fichero!\n");
        return 1;
        }
   while (! feof(fichero))
            {
                fscanf(fichero,"%d %d %d %d %d %d ", &x1,&x2,&x3,&x4,&x5,&x6);
                fprintf(fich,"%d %d %d %d %d \n",x2- x1,x3-x2,x4-x3,x5-x4,x6-x5);
            }
    fclose(fichero);
    fclose(fich);
    return 0;
}

Es decir, amigo Luis, además de las diferencias, digamos en horizontal de una línea, quieres las diferencias de una línea con la siguiente. Esto si sale nos forramos y no olvides que voy a un porcentaje en los beneficios de tu Empresa.

Por si no lo he tenido claro te pongo lo que creo que pides.

En un texto están las líneas de números:

17 21 23 32 39 40
13 16 21 22 25 34
19 20 25 27 39 49
15 24 33 37 45 46
13 21 22 30 32 49
11 17 21 24 25 26
10 14 18 20 27 43
13 14 25 36 43 49
10 12 20 21 28 32
13 19 20 27 28 32

Está visto que el destino no deja que nos separemos.

Te recuerdo que el tema de ficheros no es mi fuerte así que espero que algún erudito en el tema lo mejore.

Lo que si te he dejado en el código son tanto los printf, para ver el resultado en pantalla, como los fprintf, para grabar el fichero. Por cierto, fíjate que los he renombrado con un cero al final de los mismos, así no perdía los anteriores.

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
 
int main()
{
  int i=0,j=0,k=0,y[2][6];
  FILE* fichero,*fich;
  fichero = fopen("combiLuis0.txt", "r");
  if ((fichero = fopen("combiLuis0.txt", "r")) == NULL){
    perror("combiLuis0.txt");
    return EXIT_FAILURE;
  }
  fich = fopen("CombiDiferanciasLuis0.txt", "w");
  if ((fich = fopen("CombiDiferanciasLuis0.txt", "w")) == NULL){
    perror("CombiDiferanciasLuis0.txt");
    return EXIT_FAILURE;
  }
  while (fscanf(fichero,"%d %d %d %d %d %d ", &y[i][0], &y[i][1], &y[i][2], &y[i][3], &y[i][4], &y[i][5] )==6){
    i++;k++;
    if (i==1){
      printf("\n*");
      fprintf(fich,"\n*");
      for (j=0;j<6;j++){
        printf ("%3d",y[0][j]) ;
        fprintf (fich,"%3d",y[0][j]) ;
      }
      printf(" * [%d]\n  ",k);
      fprintf(fich," * [%d]\n  ",k);
      for (j=0;j<5;j++){
        printf ("%3i",y[0][j+1]-y[0][j]);
        fprintf (fich,"%3i",y[0][j]+1-y[0][j]);
      }
      printf("  ==>dif_horizontal\n");
      fprintf(fich,"\"  ==>dif_horizontal\n");
    }
    else {
      printf("\n*");
      fprintf(fich,"\n*");
      for (j=0;j<6;j++){
        printf ("%3d",y[1][j]);
        fprintf (fich,"%3d",y[1][j]);
      }
      printf("* [%d]\n  ",k);
      fprintf(fich,"* [%d]\n  ",k);
      for (j=0;j<5;j++){
        printf ("%3i",y[1][j+1]-y[1][j]) ;
        fprintf (fich,"%3i",y[1][j+1]-y[1][j]) ;
      }
      printf("  ==>dif_horizontal\n");
      fprintf(fich,"  ==>dif_horizontal\n");
      for (j=0;j<6;j++){
        printf ("%3i",y[1][j]-y[0][j]);
        fprintf (fich,"%3i",y[1][j]-y[0][j]);
      }
      printf("  ==>dif_vertical\n");
      fprintf(fich,"  ==>dif_vertical\n");
      for (j=0;j<6;j++){
        y[0][j]=y[1][j];
      }
      i=1;
    }
  }
  fclose(fichero);
  fclose(fich);
  return EXIT_SUCCESS;
}

Espero que esto te de "vidilla" y sigas profundizando en el tema.

No obstante, te recuerdo que todos estos resultados parciales que vas obteniendo los tendrías que pasar por un programa estadístico que te de las medias, varianzas, desviaciones, intervalos de confianza, etc. Yo en particular te aconsejo el SPSS, es potente y relativamente claro ..... ¡¡¡pero no me lo pidas a mí!!!....., consulta con tus amigos matemáticos.

Un fuerte abrazo de tu amigo León.

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
 
int main()
{
  int i=0,j=0,k=0,y[2][6];
  FILE* fichero,*fich;
  fichero = fopen("combiLuis0.txt", "r");
  if ((fichero = fopen("combiLuis0.txt", "r")) == NULL){
    perror("combiLuis0.txt");
    return EXIT_FAILURE;
  }
  fich = fopen("CombiDiferanciasLuis01.txt", "w");
  if ((fich = fopen("CombiDiferanciasLuis01.txt", "w")) == NULL){
    perror("CombiDiferanciasLuis01.txt");
    return EXIT_FAILURE;
  }
  i = 0;
  while (fscanf(fichero,"%d %d %d %d %d %d ", &y[i][0], &y[i][1], &y[i][2], &y[i][3], &y[i][4], &y[i][5] )==6){
 
    i++;k++;
    if (i>1){
      printf("\n");
      fprintf(fich,"\n");
      for (j=0;j<6;j++){
        printf ("%3i",y[0][j]-y[1][j]);
        fprintf (fich,"%3i",y[0][j]-y[1][j]);
      }
      for (j=0;j<6;j++)
        y[0][j]=y[1][j];
      i=1;
    }
  }
  fclose(fichero);
  fclose(fich);
  return EXIT_SUCCESS;
}