es simple, declaras una variable que guarde ese numero, luego la comparas con las posiciones de la matriz, y si no se encuentra dentro, la asignas a una posición de la matriz.

seria algo como esto:

 
//matriz de 5 posiciones
int mat[5];
 
digamos que tiene los numeros de 1 a 5
for(int i=0; i<5; i++)
{
  mat[i] = i+1; // aqui le damos el numero de la posicion del arreglo, inicia en cero, y para hacerlo acorde a la escala, le aumentamos 1 numero.
}
 
//Ingresando el numero
int numero =  getchar();
 
// comparamos el numero en cuestion con las posiciones del arreglo
for(int i=0; i<5; i++)
{
   if(mat[i] != numero) //Si el numero es diferente, lo guarda
   {
       matr[i] = numero;
   }
}
 

Ahora se que hay una pega, y es que en el caso de que el numero sea diferente, guardara en todas las posiciones del arreglo. Lo deje a proposito para que trabajes un poco, para que tengas algo y trabajes tu código, si sigues con la duda, deja lo que has hecho, y aquí ayudamos.